פעילותו של ענף הכדורגל בישראל מוסדרת בקובץ תקנונים הקובעים, כל אחד בתחומו, את "כללי המשחק" המחייבים את הקבוצות החברות בהתאחדות. כך, למשל, מסדיר תקנון האליפות את משחקי הליגות השונות ותקנון בקרת התקציבים את הכללים על פיהם פועלת הרשות ולהם מחויבות הקבוצות המקצועניות.
הנהלת ההתאחדות היא הגוף המוסמך להתקין את תקנוני ההתאחדות (למעט תקנון היסוד ותקנון ביה"ד העליון, שהתקנתם בסמכות האסיפה הכללית). תקנון היסוד קובע כי תקנוני פיפ"א (ההתאחדות העולמית לכדורגל) ואופ"א (ההתאחדות האירופאית לכדורגל) חלים ומחייבים את ההתאחדות, הקבוצות וכל הפועלים במסגרתם.
תקנון היסוד, תקנון ביה"ד העליון ותקנון המשמעת מסדירים את הקמתה ואת היקף פעילותה וסמכויותיה של המערכת המשפטית של ההתאחדות, קרי, ביה"ד העליון וביה"ד המשמעתי. כמו כן, מוסדרים פעילותם וסמכויותיהם של המוסד לבוררות ושל המוסד למעמד השחקן בתקנון המוסד לבוררות ובתקנון הרישום. דייני ביה"ד והבוררים פוסקים לפי מיטב שיקוליהם, הכרתם ומצפונם השיפוטי ועל פי תקנוני ההתאחדות.
תקנוני ההתאחדות חלים ומחייבים את קבוצות הכדורגל ואת הפועלים במסגרותיהן - שחקנים, מאמנים וממלאי תפקידים וכן את שופטי הכדורגל הסוכנים המורשים והמייצגים, וכל אלה כפופים גם להחלטות המוסדות השיפוטיים הנ"ל המערכות התקנוניות והשיפוטיות פועלות מאז הקמת ההתאחדות מכוח הסמכות שהוענקה להתאחדות על ידי פיפ"א.
משנחקק חוק הספורט בשנת 1988, נקבעו במסגרתו הוראות בדבר סמכות ההתאחדויות והאיגודים להתקין תקנונים שיסדירו את הניהול התקין של הענף אותו הם מרכזים ויחייבו את אגודות הספורט, הספורטאים ובעלי התפקידים באותו ענף (סעיף 10 לחוק), כמו גם הסמכות הבלעדית של מוסדות השיפוט הפנימיים שנקבעו בתקנוני ההתאחדות לדון ולהחליט בעניינים הקשורים לפעילות במסגרת ההתאחדות (סעיף 11 לחוק). המערכות התקנונית והשיפוטית מהוות, כאמור, את התשתית לפעילותה של ההתאחדות ומהן שואבת ההתאחדות את סמכויותיה לניהול ותפעול ענף הכדורגל בישראל.
פעילויות שוטפות:
- מתן ייעוץ משפטי לכל אגפי ההתאחדות בכל הקשור להסכמים, מכרזים, התקשרויות והתכתבויות עם גורמי חוץ ומשרדי ממשלה.
- ניהול וארגון כל הטריבונלים השיפוטיים והמעין שיפוטיים (בית הדין העליון, בית הדין המשמעתי, המוסד לבוררות, המוסד למעמד השחקן, הוועדה להעברת זכויות).
- עדכון וניסוח תקנונים, הוראות שעה וחוזרים רשמיים.
- טיפול בבקשות חופש המידע.