תובע ההתאחדות לכדורגל מופקד על מערכת התביעה המשמעתית של ההתאחדות, ולו הסמכות הבלעדית לקבוע אם ואת מי יש להעמיד לדין בפני ביה"ד המשמעתי. כמו כן, מופיע התובע כבא כוח ההתאחדות בפני ביה"ד העליון בערעורים על החלטות ביה"ד המשמעתי וערעורים אחרים. התובע ממונה לתפקידו על ידי הנהלת ו/או מזכירות ההתאחדות, לתקופה קצובה לפי חוזה עבודה אישי.
סמכויות תובע ההתאחדות מפורטות בנספח (הגדרות תפקידים וסמכויות) לתקנון היסוד סעיף 20, כדלהלן:
א. להחליט אם ואת מי יש להעמיד לדין בפני ביה"ד המשמעתי של ההתאחדות (להלן ביה"ד המשמעתי) בכל ענייני המשמעת השוטפים.
ב. הכנת כתבי אישום המוגשים לביה"ד המשמעתי וחתימתם בכל ענייני המשמעת השוטפים.
ג. טיפול במשמעויות הנובעות מהדו"חות של משרד החקירות המועסק בשירות ההתאחדות.
ד. הכנת כתבי אישום בכל התיקים אשר יובאו בפני ביה"ד המשמעתי של ההתאחדות בתלונות על "מעשים בלתי ספורטיביים".
ה. הופעה כבא כוח ההתאחדות בפני ביה"ד העליון של ההתאחדות, בערעורים על החלטות ביה"ד המשמעתי, ועדת המשמעת של איגוד השופטים וערעורים אחרים.
ו. הופעה בתביעות מיוחדות שאינן מופיעות לעיל, לפי הנחיות היועץ המשפטי של ההתאחדות.
ז. מילוי מקומו של היועץ המשפטי להתאחדות בעת העדרו לרגל מחלה, שירות מילואים בצה"ל או חופשה.