נשיאות בית הדין העליון היא הגוף העליון בתוך מליאת בית הדין העליון ובהתאם לזאת הוקנו לה סמכויות ביצועיות נרחבות ביותר. סמכויות ותפקידי נשיאות ביה"ד העליון מפורטות בסעיף 4 ל"תקנון ביה"ד העליון". שם נקבע בין היתר, כי: לנשיאות הסמכות לדון בבקשות רשות ערעור, להאריך מועדי ערעור, לדון ולהחליט בבקשות חנינה, למנות ולקבוע את חברי המוסד לבוררת והרכבם, ליתן סעדים זמניים ועוד.
כדבר שבשגרה, בכל ערעור הנשמע בביה"ד העליון יישב לפחות אחד מחברי הנשיאות כאב בית הדין של אותו הרכב. חבר נשיאות ביה"ד העליון משמש גם כיו"ר או נשיא האסיפה הכללית השנתית, וכן נוכחים יו"ר הנשיאות וחבר נוסף מקרב נשיאות ביה"ד העליון בוועדה למינוי יו"ר וחברי הנהלת איגוד השופטים.
על נשיאות בית הדין העליון מוטלת האחריות לנהל ולפקח על כל העניינים המנהלתיים של בית הדין, כמו גם לקבוע את הרכבי ביה"ד בכל עניין ועניין, לקבוע לעצמה סדרי ניהולה ולאשר בקשות רישום של שחקן עולה חדש יהודי אשר עלה לארץ בהתאם ל-"חוק השבות". נשיאות ביה"ד תכהן עד שתבחר נשיאות אחרת במקומה. החלטות הנשיאות תתקבלנה פה אחד ובכל מקרה אחר ברוב רגיל.
סעיף 4 (ו) לתקנון ביה"ד העליון מקנה לנשיאות ביה"ד את הסמכות לדון ולהחליט בכל עניין שנמצא בסמכות מוסד ממוסדות ההתאחדות, שאינו בסמכותם של המוסדות השיפוטיים של ההתאחדות, כאשר הדבר מובא בפני הנשיאות על ידי חבר הנהלת ההתאחדות לאחר שהעניין האמור התברר קודם לכן בפני הנהלת ההתאחדות, אפילו והוכרע שם העניין, הסכסוך או התלונה ברוב דעות (סע' 14 ז).
נשיאות ביה"ד אחראית גם על ועדת החנינות. הוועדה, המורכבת מחברי הנשיאות, מוסמכת לדון בבקשות חנינה של פרט או קבוצה המוגשות לה והכל בהתאם לתקנון ביה"ד העליון. פרט או קבוצה רשאים להגיש בקשה, כאמור, שתוגש בשלושה העתקים רק לאחר ריצוי מחצית מהעונש ולא פחות מריצוי 3 חודשים. פרט אשר נידון להרחקה לצמיתות רשאי להגיש בקשת חנינה רק לאחר שריצה 5 שנים מעונשו. לגבי עונשים כספיים, יהיה ניתן להגיש בקשת חנינה רק לאחר תשלום 50% מסכום הקנס. כך גם, קבוצה אשר הוענשה על ידי ביה"ד בהפסקת פעילות או בהורדת ליגה כתוצאה מאי הופעה למשחק/ים רשאית להגיש בקשת חנינה. בקשת החנינה, בצירוף החומר הרלבנטי ובצירוף תגובת היועמ"ש להתאחדות, תועבר לדיון בוועדת החנינות. החלטת הוועדה תינתן בכתב למבקש (אין חובת נימוק). הוועדה תפעל על פי שיקול דעתה הבלעדי להענקת חנינות, באותם מקרים שיוברר לוועדה כי למבקש החנינה נגרם עוול אשר לא ניתן לתקנו על ידי החלטת ביה"ד העליון.
רשימת חברי הנשיאות: