איגוד השופטים בהתאחדות לכדורגל אחראי על השיפוט בכל משחקי הכדורגל המתקיימים בליגות השונות בישראל. האיגוד כפוף להתאחדות לכדורגל מבחינה ארגונית ותקציבית, אך עצמאי לחלוטין בהיבטים המקצועיים.
בראש האיגוד עומדת הנהלה, שכל חבריה ויושב הראש מקרב נציגי ציבור. האיגוד מנוהל על ידי גרעין עובדים קבוע בראשות מנכ"ל ובעלי תפקידים מקצועיים המאוישים על ידי שופטי עבר בכירים וועדות מקצועיות. הוועדה המקצועית אחראית על הדרכות ואימון שופטים, ועדת שיבוץ משבצת את השופטים למשחקים השונים, ועדת ליגות א'-ב' ועוד. התפעול הארצי מתבצע באמצעות ארבעה אזורים הפרוסים ברחבי הארץ, שבראשם מנהל לכל אזור: צפון, שרון דרום ומרכז.
יו"ר האיגוד: גיורא ענבר
מנכ"ל האיגוד - עו"ד יריב טפר
מנהל פיתוח ותפעול - עידן אלמלם
חברי הנהלה: